中医临床基础学科由伤寒学、金匮要略和温病学于2000年组合而成，2003年被授予硕士学位授权学科。本学科奠基人是在中医界久负盛名的王乐匋教授（温病学）、胡璜屿教授（伤寒学）及周夕林教授（金匮要略）。2007年伤寒学和温病学被遴选为安徽省“省级精品课程”，2009年本学科被遴选为校级教学团队，2010年被遴选为省级教学团队。2011年《温病学》获得校级重点学科；2012年《温病学》获得安徽省教育厅精品资源共享课程。

本学科先后承担安徽省教学研究项目15项，主编、副主编与参编国家级规划教材及学术专著40余部。是国家级规划教材五版《温病学》副主编单位，“十二五”国家级规划教材《温病学》、《中医药学概论》、《中医临床经典概要》副主编单位， “十三五”规划教材《中医学概论》主编、《温病学》副主编单位，“十三五”研究生规划教材《伤寒论理论与实践》、《伤寒论研读》副主编单位，“十三五”规划教材《中医药学概论》、《中医各家学说》、《中医医案学》、《伤寒论讲义》副主编单位。先后获国家级教学成果二等奖1项，省优秀教学成果特等奖2项、一等奖1项、二等奖3项、三等奖4项，安徽bat365在线平台网站优秀教学成果一等奖6项，在省级以上学术刊物上发表论文近300篇。承担国家自然科学基金项目5项，安徽省自然科学基金项目3项，安徽省科技厅年度重点项目2项，安徽省教育厅自然科学研究项目5项，人文社科委托项目1项，科研总经费400余万元。

学科立足于仲景学说和温病学说，突出中医经典特色，结合安徽新安医学资源，把中医经典由传统的《伤寒论》《金匮要略》《温病学》向历代著名医家其他经典著作适当拓展延伸，打好学生中医经典基本功，培养和激发学生的传承和创新能力，形成了中医经典结合文献、实验和临床开展研究的培养模式。在继承中医经典的基础上，结合临床实际，并运用现代实验技术与方法研究中医经典理论，主要围绕外感温病、内伤杂病治法及方药配伍规律、经方治疗疑难病证机理、温病治法及临床运用、外感病证候规范化等方面深入开展一系列基础和临床研究。

学科已培养40多名硕士研究生，现有13名硕士研究生在读。学科组成员拥有全国中医药高校教学名师1人，安徽省高校中青年学科带头人1人，安徽省教学名师3人、安徽省优秀教师1人，安徽省三八红旗手1人，安徽省高等学校中青年骨干教师2人、bat365在线体育中青年骨干教师1人。目前学科拥有教授4人、副教授5人，讲师4人；其中博士学位10人，硕士学位2人；硕士研究生导师6人，博士生导师1人，形成了综合实力较强的教学、临床与科学研究队伍。