中医学学科自1959年起开始建设，经历58年的发展，积淀深厚，现为安徽省A类重点学科、省学科建设重大项目，博士学位授权学科，所属20个二级学科相继成为国家中医药管理局和省B类重点学科。学科是国家中医临床研究基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地；拥有新安医学教育部重点实验室1个（全国唯一地方医学流派实验室）、国家临床重点专科6个、国家中医药管理局中医学术流派工作室2个（新安医学王氏内科、新安医学郑氏喉科）；学科所属的中医学专业为国家教育部首批特色专业，拥有国家级精品课程1门、国家级精品资源共享课程1门、国家级专业综合改革项目1项、国家级质量工程项目2项、国家级临床技能实训中心1个、获国家教学成果二等奖2项、主编国家及行业规划教材3部、副主编国家及行业规划教材10部；学科队伍现有国家级教学团队1个、国医大师2人、全国中医药高等学校教学名师2人、国家级名老中医4人、博导17人、安徽省学术与技术带头人6人；学科积极开展科技创新工作，近5年来，承担各级各类项目200余项，获得各类奖励20余项，其中主持国家重大专项——国家科技支撑计划“新安医学传承与发展研究”，相关成果获中华中医药学会科技进步一等奖和安徽省科学技术一等奖，主要参与的“热敏灸技术的创立及推广应用”获国家科技进步二等奖；主编出版的《新安医学精华丛书》获中华中医药学会优秀著作一等奖，2014年，我校凭借中医学科新安医学的特色和优势获中华中医药学会“推动中医药学术发展特别贡献奖”。

学科始终秉承“弘扬新安医学，培育中医人才”的理念，已形成获国内外广泛认可的以新安医学为核心的中医学科优势与特色。学科构建了一只结构、梯队、年龄层次合理的学术队伍，其中既有徐经世、李业甫两位国医大师为学术顾问，又有韩明向、马骏、曹恩泽、丁锷等一批国家级名老中医为学术指导，更有一批由省学术与技术带头人组成的中青年学术骨干。近年来，学科不断汇聚特色和优势，已凝炼4个稳定的研究方向：①新安医学流派传承与发展研究：开展新安医学学术思想、学术特色与临床经验研究，特色中医治法科学内涵研究，建立数据库与信息应用平台，开发数据化软件，获省和国家一级学会一等奖3项；②中医经典理论阐释与现代研究：开展命门学说，痹病脾虚湿盛，消渴阴虚血瘀，肺气虚分度，高血压证侯基因多态性、经络脏腑相关等中医经典理论的本质，证的客观化、标准化研究，获省和国家一级学会二等奖3项；③针灸经络腧穴基础与应用研究：开展腧穴效应特异性、 “穴位”本体结构自然属性、现象研究及针灸作用机理研究，获国家科技进步二等奖1项，省和国家一级学会二等奖2项。④临床重大疾病防治与康复研究：开展糖尿病、肺胀、痹病及中风等优势病种具有新安医学特色基于“疗效-证候学-生活质量”的综合疗效评价体系和诊疗方案研究，主持和参与制定国家或行业标准4项，获省和国家一级学会一、二等奖3项。

  学科已与美国、加拿大、德国、澳大利亚等16个国家地区的30多个医疗和教育机构开展多层次、多领域、多形式交流与合作，6名成员成为国家二级学会副主委。近年来先后主办承办第八届世界养生大会暨2016中医药健康养生产业展览会、新安医学与中医药创新发展国际学术会议、世界针灸学会联合会成立20周年暨世界针灸学术大会、全国首届中医内科流派高层论坛等学术会议40余场。